Tujuan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam adalah sebagai berikut:

  1. Menghasilkan lulusan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam serta pendidikan yang berwawasan lingkungan, berjiwa wirausaha, dan memiliki daya saing global.
  2. Menghasilkan produk penelitian Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam serta Pendidikan untuk memperkuat kajian pendidikan MIPA dan MIPA.
  3. Menerapkan hasil penelitian untuk pengabdian masyarakat guna mendukung kesejahteraan masyarakat. 
  4. Melaksanakan kerjasama yang erat dengan para pemangku kepentingan untuk meningkatkan kualitas dan citra FMIPA. 
  5. Mewujudkan sistem tata kelola FMIPA yang otonom, kredibel, adil, akuntabel, dan transparan untuk penjaminan mutu dan peningkatan mutu.